請問Spoligotyping Profile是什麼?
因為我沒有分子生物學的基礎 因此讀paper讀到Spoligotyping Profile時不清楚那是什麼?
1.煩請知道的大大盡可能詳細的解說 因為這事關我能不能看懂該篇paper
2.實驗數據裡 有Spoligotyping pattern的圖 請問那是代表什麼? 數據上又代表什麼意義 ?
一切都麻煩各位先進了
1 個解答
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- 1 0 年前最佳解答
spacer oligonucleotide typing (Spoligotyping)
一種用來檢測物種genotype(基因型)或用以分類的方法
原理大致如下:
先把sample的DNA作PCR放大再用biotin標定
再放到一個預先設計好已經放上許多spacer DNA 的membrane上(類似生物晶片/microarry的原理)
再用stapavidin peroxidase去作用 (這邊的原理你可以想成跟ELISA類似)
這樣有接上biotin的sample DNA 就會跟membrene上的spacer DNA 雜合 並且能用偵測biotin的儀器去照出來
再依據你預先在membrene上排列spacer DNA的排列位置
用程式跟你跑出來的圖做比對
每個點視為一個band
每種物種會有自己的genotype跑出來自己獨特的圖型(pattern)
或著同物種的多態型就可以從這邊判別他的不同基因型
通常如果membrane是commercial的話
他應該有一個data base 裡面有各個點代表的是什麼spacer DNA
所以paper裡給你Spoligotyping pattern的圖
只是告訴你他跑出來的pettern是什麼樣子
真正知道每個點代表什麼基因型的只有作者手上的data base跟程式裡才有答案
所以你在看他圖的時候只要跟他給你的對照pattern作比較就可以了
參考資料： 自己是研二生
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