發問時間: 電腦與網際網路程式設計 · 1 0 年前

Relative gene expression data

什麼是 Relative gene expression data?

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Livakk KJ在2001年提出的相對性基因表現數據,可以應用一種數學方法表示該基因的活潑性吧!至於如何表現,是否依據PCR的結果?

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  • VBC
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    1 0 年前
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    Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method.Livak KJ, Schmittgen TD. Applied Biosystems, Foster City, California 94404, USA.

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    Relative gene expression data是指相對基因表現量,主要運用的實驗技術是即時定量PCR(real-time quantitative PCR)。

    基因的表現多寡可由RNA的產量來做依據。將總RNA以反轉錄酵素(reverse transcriptase)轉為cDNA,以cDNA做為模版進行qPCR。

    在qPCR反應物中,除放入研究標的之primer、probe之外,需同時進行對照基因(reference gene)的qPCR。

    在基因表現中有所謂的housekeeping gene,是不易受到藥物或實驗處理而影響變化量的基因;在相同物種的相同細胞中,housekeeping gene的表現量是恆定的。計算出研究標的基因對應housekeeping gene的表現量就可得『相對基因表現量』,或是以其他特定基因作為對照。

    相較於絕對定量,相對表現量可以比較清楚的呈現出處理組與對照組間的基因表現差距,也不會受到RNA純化與反轉錄過程中的誤差所影響。

    現在所有的定量PCR儀器的軟體中都內建有Relative gene expression data的分析軟體。只要定義何者為對照基因及如何比對即可計算出結果。

    定量PCR是以 C(t)值作為結果(cycle threshold)。

    基因表現差異以ΔC(t)表示

    ΔC(t)sample = C(t)target - C(t)reference

    ΔC(t)calibrator = C(t)target - C(t)reference

    相對基因表現量的均一化就是以ΔΔC(t)

    ΔΔC(t) = ΔC(t)sample - ΔC(t)calibrator

    所以相對基因表現量就是= 2-ΔΔC(t)=2^-ΔΔC(t)

    (2的-ΔΔC(t) 次方)

    2008-09-08 10:08:14 補充:

    這種問題的分類應該放到 科學醫療 > 生物學

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